Limitaciones
El MLPA no puede detectar
- Reordenamientos cromosómicos equilibrados.
- Deleciones y duplicaciones teloméricas.
- Deleciones y duplicaciones que quedan fuera del alcance de las sondas de MLPA utilizadas.
- Mutaciones puntuales, inserciones y deleciones pequeñas.
- Repeticiones secuenciales o mutaciones en el ADN mitocondrial
- La sensibilidad analítica y la especificidad del método de MLPA son del 99 %.
Pueden darse resultados positivos o negativos debido a variantes de secuencia poco habituales en regiones objetivo detectadas por las sondas de MLPA. Una mutación o un polimorfismo puntuales en la secuencia detectada por una sonda, que dan lugar a una menor eficiencia de ligación de la sonda, también pueden causar una reducción del área de pico relativa. Por tanto, las deleciones de exones individuales detectadas por el MLPA siempre deben confirmarse con otros métodos, como PCR múltiple o secuenciación.