- La amplificación de sondas tras ligación múltiple (Multiplex Ligation dependent Probe Amplification o MLPA) es un método de PCR múltiple utilizado para detectar números de copias anómalos en regiones conocidas del genoma que están asociadas con un trastorno genético específico.
- El MS-MLPA es una adaptación tecnológica del MLPA para la detección de cambios de metilación en el ADN asociados con trastornos genéticos.
- Es el método más fiable y económico para la detección de deleciones, duplicaciones y variaciones específicas en el número de copias (VNC) conocidas. Las sondas o kits de sondas empleados se han seleccionado y validado para reducir la probabilidad de falsos positivos o negativos.
Descripción general
El MLPA puede aplicarse en todas las etapas de la vida y depende del trastorno en cuestión y de los síntomas clínicos presentes. El MLPA puede solicitarse si:
- Se sospecha que el paciente tiene un trastorno genético que podría deberse a una deleción o una duplicación.
- Las pruebas genéticas anteriores han sido negativas o solo han identificado una única variante en un gen o un trastorno asociado con herencia recesiva autosómica.
El MLPA puede utilizarse para diagnosticar trastornos específicos asociados a:
- Deleciones o duplicaciones de regiones, genes o exones específicos
- Alteraciones de impronta
- Disomía uniparental (DUP)
- Pequeños reordenamientos (pequeñas deleciones intragénicas)
- Deleciones o reordenamientos pequeños asociados a regiones, genes o exones específicos
- Síndromes de microdeleción específicos
- Trastornos causados por defectos de metilación (MS-MLPA)
- Disomía uniparental específica
- Deleción/duplicación de TSC1
- Deleción/duplicación de TSC2
- Análisis de deleción/duplicación de CYP21A2 (21-0H) para hiperplasia suprarrenal congénita
- Deleción/duplicación de ATP7B
- Deleción/duplicación de HBB
- Deleción/duplicación de HBA1 y HBA2
- Análisis de deleción/duplicación de IKBKG
- Análisis de deleción/duplicación para deficiencia de ornitina transcarbamilasa (OTC)
- Deleción/duplicación para ataxia-telangiectasia (ATM)
- Deleción/duplicación para neurofibromatosis de tipo 1 (NF1)
- Deleción/duplicación para neurofibromatosis de tipo 2 (NF2)
- Análisis de deleción/duplicación para neurodegeneración con acumulación de hierro en el cerebro 2B (PLA2G6)
- Análisis de deleción/duplicación para degeneración asociada a pantotenato quinasa (PANK2)
- Deleción/duplicación para distrofia muscular de Duchenne (DMD)
- Análisis de deleción/duplicación de PMP22
- Deleción/duplicación para atrofia muscular espinal (SMN1/SMN2)
- Análisis de deleción/duplicación para síndrome de DiGeorge
- Deleción/duplicación del gen de la fibrosis quística (CFTR)
- Deleción/duplicación para síndrome de Prader-Willi/Angelman
- Análisis de deleción/duplicación ad hoc
Informes y resultados
Hay dos resultados posibles que pueden obtenerse con un test de MLPA:
- Positivo (patogénico y probablemente patogénico): Un resultado positivo indica que se ha identificado una deleción o duplicación génicas en conexión con el fenotipo de enfermedad bajo estudio. Este escenario permitirá ofrecer asesoramiento genético u orientación personal sobre posibles tratamientos médicos, la progresión de la enfermedad, las estrategias reproductivas o de prevención y las implicaciones potenciales para otros miembros de la familia.
- Negativo: Un resultado negativo indica que no se han identificado deleciones o duplicaciones causantes de enfermedad en la prueba realizada. Esto no garantiza que la persona esté sana o no tenga otros trastornos genéticos o médicos. Además, un resultado negativo no descarta una causa genética de la enfermedad ni elimina el riesgo para la futura descendencia. No obstante, si se obtiene un resultado negativo en la prueba y se sabe que la variante en cuestión está presente en miembros familiares afectados, esto descarta un diagnóstico de ese trastorno genético en el sujeto de prueba. Un resultado negativo puede explicarse por varias causas, incluidos un conocimiento genético limitado y limitaciones asociadas a la metodología utilizada.
Requisitos de muestras
- Las pruebas genéticas de Igenomix aceptan los siguientes tipos de muestras.
- Se sugiere realizar un etiquetado meticuloso del tubo con información de identificación única; un etiquetado incorrecto puede causar el rechazo de la muestra. La información mínima requerida para identificar y aceptar una muestra es: nombre completo del paciente, fecha de nacimiento, sexo y número de expediente médico.
Para diagnóstico prenatal:
- Se recomienda contactar previamente con el laboratorio para preparar adecuadamente el caso y los plazos prenatales y anticipar posibles inconvenientes.
- La muestra de sangre materna debe enviarse con todas las muestras de productos de concepción, VC y amnióticas.
- Se dará prioridad a todas las muestras prenatales.
El formulario de consentimiento informado y el formulario de solicitud del test (incluidos en el kit suministrado) deben cumplimentarse debidamente, llevar la firma del paciente y enviarse con las muestras en la caja de envío o por correo electrónico al laboratorio. Igenomix le enviará todos los documentos necesarios para la recogida y el transporte del kit correspondiente a nuestro laboratorio.
Limitaciones
El MLPA no puede detectar
- Reordenamientos cromosómicos equilibrados.
- Deleciones y duplicaciones teloméricas.
- Deleciones y duplicaciones que quedan fuera del alcance de las sondas de MLPA utilizadas.
- Mutaciones puntuales, inserciones y deleciones pequeñas.
- Repeticiones secuenciales o mutaciones en el ADN mitocondrial
- La sensibilidad analítica y la especificidad del método de MLPA son del 99 %.
Pueden darse resultados positivos o negativos debido a variantes de secuencia poco habituales en regiones objetivo detectadas por las sondas de MLPA. Una mutación o un polimorfismo puntuales en la secuencia detectada por una sonda, que dan lugar a una menor eficiencia de ligación de la sonda, también pueden causar una reducción del área de pico relativa. Por tanto, las deleciones de exones individuales detectadas por el MLPA siempre deben confirmarse con otros métodos, como PCR múltiple o secuenciación.